公元337年的东晋时期，门第风气极盛，三品官家祝氏为了巩固朝中地位攀附权贵，将独生女儿祝英台（杨采妮）许配马氏太守，因为担心无心向学的女儿失礼于人，遂叫她女扮男装来到书院好好进补，因书院均是男儿，祝氏夫人（吴家丽）拜托院长夫人对爱女特别关照。　　在书院，祝英台结识出身贫寒但苦心向学的梁山伯，因情义相投，两人相交甚笃，日日相对中，祝英台的女儿身被梁山伯识破，两人相爱。自此梁山伯更加发奋读书，期望取得功名后将祝英台迎娶进门，然而门第的隔膜终难消除。

　　白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

　　八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……　　本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。