第3季故事将讲述在神殿担任见习青衣巫女的梅茵和她的朋友路兹、姊姊多莉与孤儿院的孩子们一同制作了儿童版圣典绘本，对于书籍热情越来越高的梅茵，决定挑战下一个目标「活版印刷」。　　梅茵强大的魔力和丰富知识也让贵族们发现了她的利用价值，以及对梅茵怀恨在心的贵族，也纷纷暗地里瞄准梅茵。为了安全起见，安排了一名护卫骑士保护梅茵，更在神官长斐迪南命令下，梅茵成为了贵族卡斯泰德的养女。　　与此同时，梅茵的家族中也有了新生命的诞生，梅茵因而成为姊姊，加上梅茵侍从之一的戴莉雅，和遗弃在孤儿院有着身蚀的戴尔克……梅茵想守护的人事物越来越多，瞄准着她的恶魔之手也步步逼近，梅茵究竟会发生什么！？

　　学园都市乌兹西奥学园发生了异变，学校的游泳池被破坏了。　　近期经常发生有关超能力的怪异事件！这些事件的背后存在着谜一样的应用——超能力APP「AICis」