平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。

　　故事发生在星之海学园中，表面看来，乙坂有宇（内山昂辉 配音）不过是一个平凡的少年，然而，实际上，他拥有着能够夺取他人身体的超能力。这么多年来，乙坂依靠着自己的超能力平安度日，当他以为平静的日子将会在崭新的校园里继续之时，名叫有利奈绪（佐仓绫音 配音）的少女出现在了他的面前。　　奈绪亦是一名超能力携带者，她能够对特定的某一人隐身。除此之外，能够瞬间移动的高城丈士朗（水岛大宙 配音）、能够招来死去的姐姐黑羽美砂（内田真礼 配音）的灵魂的校园偶像黑羽柚咲（内田真礼 配音），当这些少年少女们在无名之力的牵引之下聚在一起时，命运的车轮开始了旋转。

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。