故事发生在星之海学园中，表面看来，乙坂有宇（内山昂辉 配音）不过是一个平凡的少年，然而，实际上，他拥有着能够夺取他人身体的超能力。这么多年来，乙坂依靠着自己的超能力平安度日，当他以为平静的日子将会在崭新的校园里继续之时，名叫有利奈绪（佐仓绫音 配音）的少女出现在了他的面前。　　奈绪亦是一名超能力携带者，她能够对特定的某一人隐身。除此之外，能够瞬间移动的高城丈士朗（水岛大宙 配音）、能够招来死去的姐姐黑羽美砂（内田真礼 配音）的灵魂的校园偶像黑羽柚咲（内田真礼 配音），当这些少年少女们在无名之力的牵引之下聚在一起时，命运的车轮开始了旋转。

　　2019年9月27日，宣布第3期及新作OVA制作决定。　　2020年1月29日，新作OVA发售。

　　面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？　　一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。

　　桃瀨成海是一個深藏腐女屬性的OL，不過在情場上十分失意。而二藤宏嵩是桃瀨的青梅竹馬，雖然是個徹頭徹尾的死宅，但是長著一副英俊的面孔帶著酷冷的形象。在桃瀨情場失意時作為青梅竹馬的二藤迅速拉近了與桃瀨的感情距離，一臉淡然的告白之後正式交往...

　　美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。