科学门以道术奇诡见称，可惜后人吴顺超无心向道，其婆婆苦无教孙良方。龙虎山道观醉道人发现超具习道条件，死缠对方，此时出现了一名叫脑魔的怪客，道术高强，处处要把科学门众人至于死地……

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

　　梁山好汉攻打曾头市时，晁盖不慎被史文恭毒箭射中面颊身亡。为替他报仇，军师吴用和黑旋风李逢潜入大名府，企图说服卢俊义（丹波哲郎）入伙梁山，达到“用卢制史”的目的，但潜心习武的卢俊义一直犹豫不决。不料隔墙有耳，事情被与卢俊义妻子有染的管家李固闻悉，向官府告发后卢俊义被捕，不日将以“私通梁山贼寇”罪名被斩首示众。　　卢俊义的心腹浪子燕青（姜大卫）前往梁山求救，宋江得信后立刻调派林冲（岳华）、武松（狄龙）等人去劫法场，一场梁山好汉与官府的大战就此展开。

　　白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。